Kjo lagunë ndodhet në juglindje të Sarandës dhe në afërsi të Parkut Kombëtar të Butrintit, me një sipërfaqe prej rreth 16.3 km2 ku thellësia mesatare arrin rreth 14 metra dhe thellësia maksimale 21 metra.

Laguna ka një shtrirje në gjatësi rreth 7.1 km dhe 3.3 km e gjerë dhe në fundin jugor të saj është e lidhur me Detin Jon me anë të Kanalit Vivar. Laguna e Butrintit përdoret për kultivimin e midhjeve.

Monitorimi i kësaj lagune, për vlerësimin e cilësisë të ujërave, realizohet nga  Laboratori i Agjencisë Kombëtare të Mjedisit në një stacion kampionimi, në thellësitë 0m dhe 5m.

Temperatura e ujit varion nga 18 - 27°C dhe oksigjeni i tretur i matur varion nga 9.6 – 11 mg O2 /l, ku dëshmon që ujërat janë të pasura me oksigjen.

Ujërat e lagunës së Butrintit bazuar në përmbajtjen e lartë organike janë me cilësi eutrofike.

Flora dhe fauna

Veçanërisht në fundin verior dhe atë jugor liqeni është i rrethuar nga zona shumë të lagështa, që përkohësisht mund të ndodhen edhe të tëra nën ujë. Brigjet janë zona me kallamishte, të cilat bëjnë dhe pastrimin e ujit që rrjedh për në liqen. Këto zona janë dhe vendi ku jetojnë disa lloje shpendësh, prej të cilave nga më tipiket janë pulat e pellgjeve “Gallinula”, disa zogj këngëtarë si gardelinat dhe kanarinat “Acrocephalus arundinaceus”, si dhe zogu i rrezikuar “Ixobrychus minutus”.

Ndryshe nga fundi jugor i liqenit që ka ujëra të kripura që depërtojnë nga deti, zonat me lagështi të fundit verior përmbajnë ujë të ëmbël.Në juglindje të liqenit të Butrintit gjendet dhe një liqen më i vogël me emrin liqeni i Bufit, forma e të cilit i përngjan një trekëndëshi të tej zgjatur. Liqeni i Bufit, i quajtur ndryshe edhe liqeni i Rrëzës, ka një gjatësi prej gati dy kilometra dhe një thellësi mesatare prej gati një metër.

Tokat bujqësore në bregun e tij lindor kalojnë gradualisht në një zonë kodrinore që shtrihet në rrëzë të malit Mile. Deri në vitet 60-të liqeni kishte ujë të ndenjur. Liqeni i Bufit dikur ishte në fundin e pjesës jug perëndimore i lidhur me liqenin e Butrintit, kurse sot lidhja e tij bëhet me të nëpërmjet një kanali që gjendet në veri të tij. Qysh prej asaj kohe uji ka në përmbajtjen e tij sasi të konsiderueshme të kripës. Zona midis dy liqeneve janë të lagështa, që përkohësisht mund të ndodhen të mbuluara nga uji.

Në tokat moçalore midis dy liqeneve ngrihet kodra Kalivo me lartësi 81 metra. Karakteristike për këtë kodër është se ajo në epokën e bronzit ka qenë e banueshme, kurse në shekullin e 6-të para Krishtit ishte e rrethuar me një mur mbrojtës, që arrinte deri në 1300 metra gjatësi. Fundi jugor i kësaj zone është pjesë e Parkut Kombëtar Butrinti. Në zonat përreth liqenit të Butrintit jetojnë 14 lloje kafshësh që janë vlerësuar si të rrezikuara nga shfarrosja. Në asnjë zonë tjetër të Shqipërisë nuk janë gjetur kaq shumë lloje kafshësh.

Numri i zogjve arrin në 246, janë numëruar rreth 25 lloje reptilësh e 10 lloje amfibësh. Krahas tyre është vërtetuar që jetojnë dhe rreth 105 lloje peshqish dhe 39 lloje gjitarësh. Bretkosa epirjote (rana epeirotica), breshka (testudo marginata), boa e rërës (eryx jaculus) dhe zhapiku (podarcis taurica jonica) janë disa nga kafshët tipike që jetojnë në mënyrë të vazhdueshme në zonat përreth liqenit të Butrintit.

Edhe për shpendët shtegtarë, sie disa lloje zogjsh, rosat “Aythya ferina”, “Podiceps cristatus” dhe “Tachybaptus ruficollis”, apo pula “Gallinula chloropus” etj. liqeni ofron kushte të favorshme për t’u ushqyer dhe shumuar. Edhe Breshka e detit “Caretta “, qenie e rrallë e rrezikuar nga shfarrosja, është parë nga peshkatarët të notojë në ujërat e liqenit të Butrintit.

Foka mesdhetare (Monachus) në dokumente të ndryshme figuron si banore e liqenit të Butrintit, por kësaj hipoteze sot mund t’i vihet me të drejtë një pikëpyetje, pasi gjurmët e fundit të ekzistencës së saj, sipas shkencëtarëve shqiptarë, datojnë me vitin 1999. Atëherë ajo u vërejt dhe u vërtetua se jetonte pranë Gadishullit të Karaburunit./Motilokal.com