Kryeqyteti i Maqedonisë është qyteti i Shkupit. Ai është edhe qyteti më i madh në vend dhe njëherësh paraqet qendrën administrative-politike, ekonomike, kulturore dhe arsimore-shkencore. Gjendet në pjesën veriore të shtetit, i ndarë në dy pjesë nga lumi Vardar. Qyteti gjatë ekzistimit të tij, në varësi nga rastet historike, është emëruar me emra të ndryshëm, ndërsa emri i tij antik është Skupi.

Shkupi gjendet në 21° 26' gjatësi gjeografike dhe 42° në gjerësi gjeografike veriore. Lartësia mbidetare në qendër të qytetit është 240 metra, shtrihet në 1,818 km2 në gjerësi 9 kilometra dhe në gjatësi prej 23 km. Klima e qytetit karakterizohet nga një temperaturë mesatare vjetore prej rreth 12.4 °C. Verat janë të gjata, të thata dhe të nxehta, dimrat janë të ftohtë, me shumë ditë të mjegullta. Lumi Vardar rrjedh nëpër luginën e Shkupit me degët e tij: Treska, Pçinja, Markova Reka, Lepenec dhe Kadina Reka. Luginën e Shkupit e rrethojnë malet: Vodno , Karadzica, Osoj, Zheden dhe Mali i Zi i Shkupit.

Vende turistike janë: Ura e gurit, në lumin Vardar është simbol i Shkupit. Ajo u përurua në shekullin e XV dhe përfaqëson një lidhje midis pjesës së re dhe të vjetër.

Kështjella e Kalasë - Muret e para u ndërtuan në fillim të shekullit VI. Kalaja dominon në bregun e majtë të lumit Vardar me pamje nga pjesa e vjetër e qytetit.